昆明医科大学海源学院的发展历程中，历任院长发挥了重要作用。郭永章教授于2003年8月至2010年7月担任院长；（图片）李德林教授在2010年7月至2018年5月期间担任院长；陆信教授则在2018年6月至2020年1月19日担任院长。
2001年6月，昆明医学院海源学院在云南省教育厅的批准下正式创办。
2004年，该校顺利通过国家教育部首批独立学院的审核确认。
2009年9月，昆明医学院海源学院公共卫生系宣告成立。
2010年7月1日，昆明医学院海源学院正式启用新的校名字体、校徽、校训和校旗。同年9月，学院决定成立人文社会科学部。
2011年9月，教学部更名为教务部，杨林校区也开始投入使用。
2012年，昆明医学院更名为昆明医科大学，相应地，昆明医学院海源学院也更名为昆明医科大学海源学院。
2013年8月，昆明医科大学与昆明富达发展实业集团举行了联合办学协议修定签字仪式。
2014年3月，学校的临床二系荣获2013年云南省高校辅导员工作精品项目优秀奖。
截至2020年1月19日，根据学校官网信息，昆明医科大学海源学院共有教职工752人，其中专任教师532人，生师比为15.9:1。专任教师中，硕士以上学历者268人（硕士245人，博士23人），占专任教师总数的51.4%。具有副教授以上专业技术职务的教师有249人，占专任教师总数的48.2%。此外，学校拥有云南省高等学校名师工作室1个，云南省教学名师3名，云南省教学团队1个。
截至2020年1月19日，学校官网显示，学院设有22个本科专业及专业方向，包括临床医学、口腔医学、护理学、药学、医学影像学、医学检验、康复治疗学、公共事业管理（卫生事业管理方向）、劳动与社会保障（医疗保险方向）、信息管理与信息系统（计算机技术医药卫生应用方向）、环境科学（环境医学方向）、英语（医药卫生方向）等，涵盖医学、理学、文学、管理学等多个学科。其中，临床医学专业和护理学专业为省级特色专业。作为具备优秀教学环境和条件的现代高等学府，昆明医科大学海源学院面向全国31个省、区、市招生，目前在校的本科全日制学生近10000人。
杨林校区位于嵩明职教园区，规划现代、建筑新颖美观、功能齐全，将成为海源学院的主校区。校区位于昆明市嵩明云南省职教园区，一期工程占地627.45亩，建筑面积17万余平方米，总投资超过4亿元，并于2011年9月投入使用。（图片）
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