朱国伟教授：1988年6月至1992年8月，担任武汉水运工程学院院长；1991年至1999年，担任武汉交通科技大学副校长。高孝洪教授：1992年8月至1993年11月，担任武汉水运工程学院院长；1993年11月至1999年2月18日，担任武汉交通科技大学校长。陶德馨教授：1999年2月18日至2000年5月，担任武汉交通科技大学校长。周祖德教授：2000年5月至2010年6月，担任武汉理工大学校长。张清杰教授：2010年6月6日至2020年2月3日，担任武汉理工大学校长。
武汉交通科技大学的前身，国立武昌海事学校，成立于1946年，由国立武昌海事职业学校与广东省立潮汕高级商船职业学校（部分）合并组建。1949年，中南交通学院成立，刘惠农同志担任院长，曹海波任副院长。1952年，大连海运学院、上海海运学院等高校的船舶专业并入中南交通学院。1954年，大连海运学院（航运专业）并入中南交通学院，学院更名为武汉河运学院。1957年，武汉交通学院更名为武汉水运工程学院，同年，全国多所高校的水运专业并入该学院。1992年7月，武汉河运专科学校（前身为国立潮汕高级商船学校）并入武汉水运工程学院。1993年11月，武汉水运工程学院更名为武汉交通科技大学，并在全国范围内开始一本招生。1996年12月，交通部与湖北省签署共同建设武汉交通科技大学的协议。1998年，武汉交通科技大学部分学科通过211工程预审。2000年5月27日，武汉工业大学（原武汉建筑材料工业学院）、武汉交通科技大学（原武汉水运工程学院）、武汉汽车工业大学（原武汉工学院）合并，组建为武汉理工大学。
1992年8月，交通部任命孙国正教授为武汉水运工程学院院长。
1993年11月，武汉水运工程学院更名为武汉交通科技大学。交通部任命黎德扬教授为党委书记，孙国正教授为校长。
1994年4月，武汉交通科技大学成立学校建设指导委员会，共有87家交通行业大中型企事业单位参与。
1996年12月，交通部与湖北省人民政府签署共建武汉交通科技大学协议书。
1997年1月，交通部任命曹树钦教授为武汉交通科技大学党委书记。
武汉交通科技大学召开第九次党员代表大会，会议选举曹树钦教授为书记。
1997年9月，交通部组织专家对武汉交通科技大学船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程、机械设计工程进行“211工程”重点学科评审，三个学科被列为部级重点学科。
1998年7月，交通部港监局对武汉交通科技大学船员教育与培训质量体系进行质量审核，为学校颁发了质量体系证书，使学校成为国际海事组织认可的首批6所中国船员教育与培训机构之一，学校船员教育正式与国际接轨。
同年，武汉交通科技大学船舶与海洋结构物设计制造学科获得博士学位授予权。
1999年2月，陶德馨教授担任武汉交通科技大学代理校长。
2000年5月，武汉工业大学、武汉交通科技大学、武汉汽车工业大学三校合并，正式成立武汉理工大学。
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