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样品相关图：《Nature》子刊：新式DNA甲基化靶向测序技术，简化样本分析癌症相关性

在DNA甲基化分析一般用于启动子、增强子、CTCF综合结构区域，最后分析癌症的相关性。

然而，传统的全基因组甲基化测序包括所有基因组，成本高，效率低。

有没有简化甲基化测序的方法？CpG聚集区甲基化进行测序评估CpG以较低的测序成本完成一小部分基因组的高普及率？

今天，我将详细介绍简化甲基化测序的方法，称为低细胞量靶向DNA甲基化测序分析。

关键是这种方法CpG聚集区甲基化进行测序，采用限制性内切酶切法DNA切割成小片段，然后选择特殊精彩片段尺寸的编码序列进行重硫氰酸盐测序分析。该方法可聚集在包括启动子、增强子和其他控制部件在内的区域CpG甲基化信息内容。

本文发表在《NatureBiotechnology》，全文题型Extended-representationbisulfitesequencingofgeneregulatoryelementsinmultiplexedsamplesandsinglecells”。

文章强调，传统的靶向甲基化测序可以捕获事先定义的区域，具有高再现性，但必须输入多个样本，这限制了这些有价值的样本或细胞稀疏的科学研究。低细胞量的靶向DNA甲基化测序分析摆脱了上述困难，包括启动子、增强子和CTCF结构域DNA甲基化分析可以最大限度地简化样本，分析癌症的相关性。

低细胞量的靶向科学研究精英团队DNA甲基化测序分析方法：

首先，科研精英团队对甲基化不敏感MspI对基因组精彩片段的连接编码序列进行了改进，并增加了试验识别条形码；

第二步是捕获匹配DNA在亚硫酸氢盐转化前的生物素聚集过程中去除不必要的编码序列；

第三步，应用任何六聚体扩展过程生成第二个编码序列，将扩展基因组编码序列的覆盖面积分开MspI结构域，修复亚硫酸氢盐转化过程中形成的溶解精彩片段。最后，可以获得文本库并进行测序。

为了更好地认证这种方法，首先，科研精英团队利用低细胞量靶向DNA甲基化测序方法，从K562细胞10ng净化基因组DNA转化为文本库，获得约4000万二端reads测序信息量。

因此，科学研究精英团队将低细胞量靶向DNA为了明确两种方法的相关性，甲基化测序方法与全基因组甲基化测序进行了比较。

结果发觉：低细胞量的靶向DNA甲基化测序方法普及率高，每一种都有CpG的DNA低细胞量靶向甲基化值DNA甲基化测序方法与全基因组甲基化测序密切相关。

图1：低细胞量靶向DNA甲基化测序方法与全基因组甲基化测序相比

要明确相关性，必须评估该方法对相关基因组区域的普及率。

科学研究精英团队系统软件比较CpG、遗传基因启动子、增强子和CTCF综合结构区等地区的普及率和聚集率。

数据显示：

CpG区域：低细胞量靶向DNA甲基化测序方法被捕获83.5全基因组甲基化测序为%72.0%；

启动子区域：低细胞量靶向DNA甲基化测序方法被捕获81.7全基因组甲基化测序为%67.7%；

增强子和CTCF融合结构域等区域：低细胞量靶向DNA甲基化测序方法包括38211H3K27ac最高值，CTCF18059个融合结构域，RRBS15239和5170个匹配数据。

图2:四个不同区域结构的两种技术测序深度和覆盖面积的比较

上述数据显示，低细胞量靶向DNA甲基化测序方法在这里四个地区结构区域的普及率和聚集率较高，对测序的深入规定效果较低。

科学研究精英团队整合最终数据信息，强调低细胞量的靶向DNA与传统方法相比，甲基化测序方更具优势。

这种方法只是对的CpG聚集区甲基化进行测序评估CpG甲基化水平，然后以较低的测序成本完成一小部分基因组的高普及率。

在DNA甲基化检验的巨大样版数据库查询中，该方法可以简单化数据库查询，更为精确、高效率的析癌病关联性。

也许这种方法将来可以应用DNA广泛应用于甲基化癌症检测。

这是未来DNA癌症检测给出了新的方便快捷的方法！

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