粪便样品的保存时间：粪便样品的保存技巧是什么？
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良好的实验方法对研究至关重要，不同的实验方法有时会直接影响研究结果。以下文章对粪便样储存方法进行了比较和探讨，传统的储存方法(-80℃)哪同的商业存储方法哪个更好，哪个更差？下一步！此外，美格基因分析研发部经理悄悄地（大声）说，承担了文章中生物信息分析部分的主要内容！
ComparisonofDNAstabilizersandstorageconditionsonpreservingfecalmicrobiotaprofiles
DNA稳定剂和储存条件对粪便微生物群组成的影响
杂志：大便样品保存时间
JournaloftheFormosanMedicalAssociation
大便样品的保存时间：
2022.05
IF：保存大便样品的时间
2.844
DOI:10.1016/j.jfma.2022.01.013
一、研究背景
合理保存粪便样本是肠道微生物组学和人体健康研究的关键步骤之一。目前认为样本收集后立即收集-80°C在这种情况下，速冻保存是最好的方法，但在实际的临床样本收集、短期储存和运输中很难实现。面对这一困难，公司开发了商业稳定剂稳定剂和配套的保存方案，如OMNIgene.GUT试剂盒和Stratec粪便收集管。本文利用16SrRNA扩增子测序评估了上述两种微生物保存方法的性能。
二、实验设计
从4名志愿者的粪便上两不同位置收集样本并进行三等分，以三种方式进行储存（图1），然后一起提取总DNA后针对16SrRNAV3-V4扩增子测序及区域后续分析。
图1.整体实验设计
三、实验结果
1、个体差异对粪便微生物群落的影响大于储存模式
基于Shannon指数评估发现个体之间的指数评估alpha多样性差异明显，但不会随着保存稳定剂和保存时间的增加而改变。Bray-Curtis进行PCoA分析发现，四名志愿者的样本显然是成簇的，但根据稳定剂的保存和保存时间，样本不会成簇（图2），表明个体差异对微生物群落的影响大于其他条件。
图2.PCoA分析
透过Spearmanrankcorrelationtest计算OMNIgene.GUT试剂盒或Stratec粪便收集管中保存的同一志愿者的样本菌落组成高度相关。另基于Bray-Curtis的PERMANOVA分析表明，个体差异解释了总变异60.9%，不同保存稳定剂和保存时间的变化只占5.2%和4.4%（表1）。
表1.PERMANOVA总结分析结果
2、稳定剂对微生物群落的影响
理想的DNA在有稳定剂的情况下，作者观察到稳定剂可以保持微生物群落不变，OTU相对丰度会随着保存时间略有波动(图)3.A）。分析同一稳定剂下样本的微生物组成和多样性，发现随时间没有明显变化(图3.B），但相关性分析表明，储存3天的样本比储存7天的样本更相似(图)3.C）。
对样本的OTU精细分析丰度，大部分OTU丰度波动不超过2倍。同时使用LEfSe分析发现样本之间的差异物种，结果表明与新鲜样本相比，在Stratec在粪便收集管保存的样本中发现Faecalibacterium但是在OMNIgene.GUT试剂盒保存的样品中没有明显的不同菌属信息。
图3.A:OTU丰度统计曲线；B：微生物群落组成及多样性箱型图；C：在不同保存稳定剂条件下的相关性分析。
1、个体差异对微生物群落组成的影响大于保存条件。
2、商业化OMNIgene.GUT试剂盒和Stratec粪便收集管在粪便保存中具有有效性。
3、考虑到成本、有效性和使用方便性，Stratec粪便收集管可能是临床粪便收集的可行方法。
4、本文实验涉及的样本量较少，需要在样本量较大的情况下进行实验和分析，以提高结论的可靠性。
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