1998年经国务院批准原新疆医学院、原新疆中医学院合并成立新疆医科大学，同年9月经自治区机构改革领导小组批准原新疆医学院成人教育学院和原新疆中医学院成人教育部合并成立新疆医科大学成人教育学院； 2009年3月经自治区编委批准学院更名为新疆医科大学继续教育学院，同时挂“自治区卫生干部培训中心”牌子；2001年新疆医科大学和北京大学医学部联合建立了新疆医学网络教育中心，中心设在继续教育学院（原：成人继续教育学院）。
一、 学院机构：设有办公室、教学部、学生科、自考办、培训部五个部门。近几年随着学校改革的不断深入，学院解放思想，转变观念，大胆创新，积极适应社会需求，树立质量教育观念和市场经济意识。在积极深化教育体制改革的过程中，对招生计划、专业设置、教学大纲、课程设计、实验实习、教学管理、考核发证等各个环节进行精心设计，使学校成人教育更加符合时代特征，符合国家的教育方针，符合成人教育的规律和学校的特点。同时，学院加大了继续医学教育工作力度，增加了卫生管理干部的培训工作，并积极开展社会卫生行业培训工作。
二、专业设置：学院目前设有临床医学、预防医学、药学、护理学、中医医疗、中西医结合、口腔医学、医事法学、临床内儿、临床外妇、医学影像、临床检验、麻醉、妇幼保健、卫生事业管理、针灸推拿、中药、医学美容等二十多个本、专科专业及专业方向。
三、学习形式：业余学习（本科3年、专科4年）、网络学习及自考等形式。
四、学习网点：为满足南北疆基层医疗卫生技术人员的不离岗的学习需要，经自治区有关部门批准，已在巴州、伊宁、喀什、和田、昌吉、乌市盲人学校等地建立了联合办学点，设有本科和专科两个学历层次。
新疆医科大学建校50多年来，为社会培养各类医药人才5万余人。其中成人教育毕业生一万多人，成人学生继续深造读研究生的达百余人。本科毕业申请学位的学生累计2058人。新疆医学网络教育中心2001年正式招生，目前有本、专科学生500多人，已毕业300余人。
在新世纪实现中华民族伟大复兴的征途上，继续教育学院坚持以“三个代表”重要思想为指导，积极贯彻实践科学发展观，“谋划医学教育事业科学发展，努力办好人民满意医学教育”,在学校党委的正确领导下，继续为自治区培养合格的医疗卫生技术人才做出更大的贡献！
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