重庆文理学院设有二十二个学院含有实验教学管理中心；信息管理系；检验医学院；外国语学院；生物医学工程学院；体育工作部；第一临床学院；护理学院；麻醉学系；医学影像系；卫生学校；第二临床学院；儿科学院；口腔医学院；第五临床学院；中医药学院；思想政治教育学院；生命科学研究院；分子医学检测中心；基础医学院；公共卫生与管理学院；药学院等学院。
重庆文理学院核心专业设置有：计算机科学与技术、电气工程与自动化、食品科学与工程、园林、工商管理会展经济与管理、行政管理、劳动与社会保障、思想政治教育、法学、思想政治教育、小学教育、学前教育、教育技术学、体育教育、社会体育、生物科学、化学、应用心理学、数学与应用数学、信息与计算科学、物理学、电子信息科学与技术、环境科学、生物技术、物理学、统计学、汉语言文学、广播电视新闻学、英语、音乐学、舞蹈学、美术学、艺术设计、计算机科学与技术、工商管理、艺术设计、机械工程及自动化、信息工程、财务管理、网络工程、化学工程与工艺、金属材料工程、高分子材料与工程、材料成型及控制工程、计算机科学与技术、制药工程等几十个本科专业。
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