学校继续教育始于1988年，2004年成立成人教育部，2012年更名为继续教育部，统管全校的学历教育、职业技能鉴定和中医类别全科转岗培训工作。2000年起开办网络教育，成为北京中医药大学、中南大学的学习中心；2004年经省教育厅批准成为湖南省成人高等教育学校；2002年经省劳动人事和社会保障厅批准成立“湖南中医药高等专科学校国家职业技能鉴定所”。
学校继续教育开办20余年来，共培养本、专科毕业生1万余名；目前在籍学生2000余人，分本科与专科两个层次，有业余、函授两种形式；开办了心理咨询师、健康管理师、公共营养师、育婴师、保健按摩师、美容师、医药商品购销员、医疗救护员和反射疗法师等17个职业的培训与鉴定，累计培训和鉴定人数近2万人。
学校作为湖南省卫计委直属单位，连续多年成功承担湖南省乡村医生本土化人才培养农村医学专业中职学历教育、湖南省中医类别全科医生转岗（师资）培训。
学校所开办的继续教育项目都属于国家国民教育系列，所颁发的毕业证书，国家都承认学历，教育部学历认证中心注册上网，晋升晋级均有效；本科毕业生符合国家和学校授予学士学位的有关规定者，还可授予学士学位。
学校继续教育部连续荣获湖南省乡村医生本土化人才培养优秀教学基地、湖南省职业技能鉴定先进单位、学校2014年度考核先进处室和优秀社会助学机构等荣誉称号。
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