东南大学有文学院等29个学院；建筑学院；机械工程学院；能源与环境学院；信息与工程学院；土木工程学院；电子与工程学院；数学系；自动化学院；计算机科学与工程学院；物理系；生物和医学工程学院；材料与工程学院；人文学院；经济与管理学院；电气工程学院；外国语学院；体育系；化学工程学院；通信学院；仪器科学与工程学院；艺术学院；法学院；医学院；公共卫生学院；吴健雄学院；海外教育学院；软件学院；集成电路学院(IC)；马克思主义学院等。
东南大学的核心专业有：自动化、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、信息工程、软件工程、电气信息工程、城市规划、土木工程、建筑环境与设备工程、给排水工程、港口航道与海岸工程、测绘工程、环境工程、化学工程与工艺、化学制药、交通运输、交通工程、工程力学、材料成型与控制工程、工业设计等等。测控技术与仪器、热能与动力工程、生物医学工程、生物工程、化学与制药工程、机械工程及其自动化、电子科学与技术、宝石与材料技术、道路桥梁与河流穿越工程、电气工程及其自动化、新能源材料与器件、传感网络技术、测绘、国际经济与贸易、金融学、经济学、信息管理与信息系统、工业工程、工程管理、会计学、旅游管理、物流、劳动与社会保障、工商管理、行政管理、工商管理、临床医学与医学技术、勘探技术与工程、材料科学与工程、机械设计制造及其自动化、管理科学与工程、法学、社会学、政治学与行政学、科学教育、人文实验班、信息与计算科学、数学与应用数学、应用物理学、地理信息系统、电子信息科学与技术、光学科学数学、光学信息科学与技术、物理学、理科实验班、汉语言文学、艺术设计、 预防医学、临床医学、医学影像、医学检验、护理、英语、日语、交通运输、能源与动力、机械、土木工程等专业。
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