浙江中医药大学有基础医学院等18个学院；第一临床医学院；第二临床医学院；第三临床医学院；药学院；管理学院；生命科学学院；听觉和言语科学学院；护理学院；信息技术学院；生物工程学院；外国语学院；口腔医学院；滨江学院；成人教育学院；继续教育学院；国际教育学院。
浙江中医药大学的核心专业有口腔医学、临床医学、医学检验、康复治疗、中医、针灸推拿、护理、药学、中药、药物制剂、中西医临床医学、听力学、药学、计算机科学与技术、食品科学与工程、生物工程、制药工程、市场营销、公共事业管理、生物科学、生物技术、英语、中草药种植。
重点学科有：中医临床基础、中医中药、中西医结合、针灸推拿、中医脾胃、金匮要略、中医诊断学、中药房、针灸、中医血液学、中医肿瘤学、中医痹症、中医骨伤科、中医肺病学、动物学、中医骨伤科、中西医结合、中医诊断学、中医资源、医学实验动物学等。中医实验动物学、中医诊断学、方剂学、中医临床基础、中西医结合基础医学(脑病)、针灸推拿学、中药资源工程、中西医结合呼吸学、中西医结合血液学、中西医结合内分泌学、中医骨伤科、中西医结合肿瘤学、中西医结合神经病学、中西医结合妇科、中西医结合外科、中医儿科、中西医结合骨科。
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