福建中医药大学有海外教育学院等18个学院；
医学影像学、中医学、临床医学、中西医临床医学、药物制剂、中医内科学、护理学、制药工程、食品科学与工程、市场营销、公共事业管理、西医内科学、中医外科、中西医妇科、中西医儿科、针灸推拿、康复医学、眼科、中医耳鼻喉科、中医伤科、临床技能培训等。
福建中医药大学有海外教育学院等18个学院；成人教育学院；第一临床医学院；矫形外科学院；针灸学院；管理学院；附属研究所；第二临床医学院；思想政治理论课教研室；护理学院；体育部；康复医学院；第三临床医学院；继续教育学院；职业技术学院；中医学院；中西医结合学院；药学院等。
福建中医药大学的核心专业有：药学、中医学、针灸推拿学、应用心理学、康复治疗学、信息管理与信息系统、中医诊断学、中医学、方剂学、正常人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学、医学生物学、医学免疫学与发病学、药理学、西医诊断学、温病学、伤寒学、内科文选、冶金学。医学影像学、中医学、临床医学、中西医临床医学、药物制剂、中医内科学、护理学、制药工程、食品科学与工程、市场营销、公共事业管理、西医内科学、中医外科、中西医妇科、中西医儿科、针灸推拿、康复医学、眼科、中医耳鼻喉科、中医伤科、临床技能培训等。
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