南京工业大学有28个学院，包括：工业与艺术设计学院；能源学院；通信学院；测绘学院；南京工业大学材料科学与工程学院；机械与动力工程学院；生物制药工程学院；药学院；自动化和电气工程学院；食品和轻工业学院；电子信息工程学院；建筑学院；继续教育学院；技术学院；先进材料研究所；浦江学院(独立学院)；土木工程学院；化学工程学院；政治学学院；城市建设与安全工程学院；环境学院；理学院；经济与管理学院；法律和行政学院；外国语学院；国际教育学院；力学系；体育部和其他学院。
南京工业大学的核心专业有：机械工程及其自动化、测控技术与仪器、热能与动力工程、电子信息工程、通信工程、土木工程、化学工程与工艺、勘探技术与工程、金属材料工程、电气工程及其自动化、药物制剂、自动化、城市规划、测绘工程、交通工程、轻化工、城市地下空间工程、工业设计、生物工程、给排水科学与工程。水质科学与技术、电子信息科学与技术、生态学、材料化学、环境科学、应用物理、化学、应用化学、生物技术、地理信息系统、统计学、生物基础课、信息与计算科学、数学与应用数学、材料物理、文学英语、德语、日语、车辆工程、风能与动力工程材料科学与工程、光电材料与器件、建筑节能技术与工程。金融学、工商管理、信息管理与信息系统、市场营销、工业工程、工程管理、药学、冶金工程、无机非金属材料工程、高分子材料与工程、复合材料与工程、机械设计制造及其自动化、过程装备与控制工程、建筑学、建筑环境与设备工程、给排水工程、环境工程、安全工程、制药工程、食品科学与工程、生物工程、计算机科学与消防、安全工程、会计学、电子商务、行政管理、人力资源管理、公共事业管理、法学、社会工作、生物科学、生命科学与技术基础类、资源
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