阜阳医学科技工程学校创建于1964年。先后举办了安徽省旧县农业技术学校、太和吴起干部学校、太和吴起大学、太和师范学院、太和旧县高级中学、太和农业中学、太和县第一职业高级中学。2015年6月，经阜阳市人民政府批准改制为公办全日制普通中专。1993年被命名为阜阳地区重点职业高中，1995年被命名为安徽省重点职业高中，2005年被命名为安徽省示范性中等职业学校。2008年被安徽省示范性中等职业学校复评。2020年4月，被安徽省教育厅列为省级示范性中等职业学校重点建设学校。是安徽省现代农业职业教育集团、阜阳职业教育集团、大别山职业教育集团的理事单位，安徽省贫困地区劳动力转移培训基地。
学校坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持市场导向，面向生产一线，服务地方经济社会发展。积极对接现代医药、绿色新能源、发艺文化、塑化屏风等泰和县支柱产业。围绕“打造学校品牌，培养教师品位，提升学生素质能力”的办学目标，依托“素质能力教育”，深化产教融合、校企合作、工学结合，培养具有综合职业能力的应用型、技能型、创新型中等技术人才。
学校现有两个校区，校园面积303亩，建筑面积27778平方米，藏书12.8万册，电子书60万册，各类报刊杂志105种，校内外实习实训基地16个。各类实验实训设备总价值1828.5万元；现有教职工187人(含外聘教师)，专任教师179人，其中研究生19人，本科及以上学历177人，高级职称64人，专业教师110人，双师型教师77人。有69个班级，4396名学生。
学校先后被授予全国零犯罪学校、国防教育先进学校、安徽省文明单位、书法教育示范学校、阜阳平安校区、阜阳职业教育先进单位等称号。近年来，有260多名师生在省市技能竞赛中获奖。100多名学生在国家级和省级文明文体竞赛中获奖。
通过举办技能竞赛节、读书节、艺术节、运动会四个节日，形成了生动活泼、祥和和谐的校园文化。积极开展“阜阳网络文明示范校”活动，引导学生在校科学使用手机。积极推行“三进”教学模式，即企业进校园、教师进课堂、学生进车间。学校坚持“全员高考”，严格按照教学大纲要求开设课程，注重文化教学，加强技能训练，为学生参加对口高考、普通高考和自主招生奠定基础；对于选择就业的学生，学校推荐到县经济开发区、浙江、江苏、深圳、北京、上海等地的企业就业。
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