南洋医学院的前身是创建于1951年的南洋卫生学校。2004年，经教育部批准，升格为南洋医学院。2006年，南阳市委市政府整合南阳医学教育资源，将南阳中医学院与张仲景中医药大学(工学院中医系)合并为南阳医学院，形成了优势互补的中西医结合办学格局。目前，学校占地1316亩。校舍建筑面积44.92万平方米，教学科研仪器设备总值1.33亿元。图书馆总藏书173.3万册，其中纸质图书121.3万册，电子图书52万册，中外文期刊1300余种。学校有党政机构20个，教学部(系、学院)14个，辅助教学机构6个。设有临床医学、护理、中药学、药学等18个专业，与美国卡姆登学院、美国哈森大学、菲律宾伊米里欧学院联合举办护理、药学、口腔医学等6个涉外专业。与日本大阪紫青书院达成合作意向和谅解备忘录。学校现有专任教师840人，其中高级专业技术职务363人(高正籍103人)，硕士以上学历教师414人(其中博士12人)，外籍文教专家6人。5人被聘为高校硕士、博士生导师。
目前，我校有15个专业科研机构，其中市级以上科研机构7个。还拥有设备先进、功能配套的科研实验中心，占地面积2300平方米。2012年，学校获批设立河南省博士后研发基地。艾滋病解剖标本填补了国内外空白。中医植物标本馆和人体生命科学博物馆在全国名列前茅，仲景文化博物馆独树一帜。《國醫論壇》为国家级期刊，中国解剖学会创办的“中国解剖网”被指定为专题网站。
学校还拥有1个国家级示范实训基地和5个省级示范实训基地。省级专业5个，河南省教改试点专业2个，河南省高校综合改革试点专业5个，中央重点支持建设专业2个；河南省高校省级精品课程3门，资源共享精品课程3门；有3个省级教学团队。承担并完成10个省级教改项目；国家授权专利596项；国家中医药管理局3个项目；国家自然科学基金项目3项；国家中医药管理局中标中医药科技专项。获河南省高等教育教学成果特等奖1项；中国医学科学技术奖二等奖1项；湖北省科技成果二等奖1项。2008年在教育部人才培养水平评估中被评为优秀；2013年顺利通过第二轮人才培养评估，22项评估指标全部优秀。2014年被命名为“河南省职业教育品牌示范学校”。
学校自主创办了3所附属医院，床位3100多张。一附院是国家三级甲等综合医院、全国百姓信心示范医院、河南省全科医师培训基地、河南省住院医师规范化培训基地、河南省爱婴医院，床位规模1800张。能独立开展冠状动脉搭桥术、心脑血管介入治疗等疑难医疗项目。二附院是以中医、中西医结合为特色的国家三级甲等中医医院，是河南省全科医师培训基地，床位1000张。第三附属医院是国家二级甲等综合医院
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