四川农业大学有食品学院等28个学院；信息工程与技术学院；四川农村发展研究中心；政治学院；文法学院；艺术和体育学院；商学院；农学院；资源学院；经济与管理学院；风景园林学院；水稻研究所；小麦研究所；生命科学和科学学院；远程继续教育学院；新农村发展研究所；旅游学院；城乡建设学院；玉米研究所；动物营养研究所；动物遗传育种研究所；预防兽医学研究所；生态研究所；水果和蔬菜研究所；动物科学与技术学院；动物医学院；林业学院；园艺学院等。
四川农业大学的核心专业有：食品质量与安全、食品科学与工程、植物检疫、环境科学、信息与计算科学、化学生物学、应用化学、应用物理、广告学、风景园林设计、工程造价、生物医学工程、生物工程、农业机械化及其自动化、农业电气化及其自动化、环境生态学、烟草、经济学、国际经济与贸易、金融学、信息管理与信息系统。工商管理、市场营销、土木工程、农业建筑环境与能源工程、森林工程、木材科学与工程、水利水电工程、农业、园艺、植物保护、茶学、草原学、财务管理、农业水利工程、土木工程、植物科学与技术、野生动物与自然保护区管理、风景园林、动物科学、动物医学、水产养殖、农业资源与环境、林学。水土保持与荒漠化治理、草业科学(中外合作办学)、种子科学与工程、城市规划、人力资源管理、旅游管理、土地资源管理、农林经济管理、农村区域发展、电子商务、法学、社会工作、教育技术、社会体育、资源环境与城乡规划管理、地理信息系统、生态学、生物技术、生物科学、动态英语、汉语言文学。农业科学与工程、应用生物科学、工程管理、政治学与行政学、包装工程、思想政治教育、药学、中草药栽培与鉴定、药物制剂、计算机科学与技术、环境工程、制药工程等几十个本科专业。
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