2004年6月26日甘肃省人民政府第45次常务会议研究并决定，7月9日省政府以甘政函[2004]61号文批复，将“甘肃省兰州农业学校”改建为“甘肃农业职业技术学院”，属专科层次的普通高等学校，撤消“甘肃省兰州农业学校”建制，隶属省农牧厅，业务上受省教育厅指导。
甘肃农业职业技术学院毕业证设有农业技术系、园林工程系、经济管理系、食品化工系、畜牧兽医系、基础部等6个教学系（部）。形成了农技类、园艺类、财务会计类、经济管理类、信息技术类、畜牧兽医类、食品类和化工类等8个专业群。设有作物生产技术、种子生产与经营、生物技术及应用、园艺技术、园林技术、园林工程技术、设施农业技术、会计电算化、财务管理、经济管理、物流管理、营销与策划、计算机应用技术、计算机网络技术、畜牧兽医、动物防疫与检疫、食品营养与检测、食品生物技术、农产品质量检测、应用化工技术、工业分析与检测、有机化工生产、生物制药技术、精细化学品生产技术等24个专业。有7个实训中心、37个专业实验室，一个教学实习实训农场，校外实习基地63处。既有全日制大专学历教育，也有职业资格及农民创业培训和短期培训。作物种子类、财务会计类和园艺、牧医、食品类是省级示范专业和重点建设专业。既有全日制大专学历教育，也有职业资格及农民创业培训和短期培训
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