安徽中醫藥高等專科學校前身是始建於1960年的“蕪湖市中醫學校”。2001年，學校獨立升格並於次年經教育部批準，在全國同類院校率先更名為“安徽中醫藥高等專科學校”。為整合衛生教育資源，壯大學校實力，2006年，市政府將蕪湖市中醫醫院成建制劃歸學校作為直屬附屬醫院；2012年，附屬市牙病防治所成功創建附屬口腔醫院（蕪湖市口腔醫院）。學校現為教育部中醫藥職業教育教學指導委員會副主任委員單位、中華中醫藥學會治未病分會副主任委員單位、世界中醫藥學會聯合會亞健康專業委員會、藥膳食療研究專業委員會副會長單位、安徽省中醫藥現代化研究會理事長單位。
學校占地面積997畝，總建築面積29.7萬平方米，現有醫療系、藥學系、康復保健系、護理系、口腔醫學系及基礎教學部、思想政治理論課教學研究部等教學系部,開辦中醫學、中醫骨傷、針灸推拿、中藥學、藥學、護理、中醫健康管理、中醫養生保健（含中醫養生旅遊方向）、醫學美容技術、口腔醫學、口腔醫學技術、康復治療技術等31個專科專業及專業方向，全日制專科在校生近9000人。學校共有專任教師530人，其中，副高以上專業技術人員181人，具有研究生學歷人員184人。
學校下轄2所直屬附屬醫院、 1個安徽中藥資源研究所、1個天然藥用植物園和9所非直屬附屬醫院及穩定的實習基地120多家。學校附屬中醫醫院（蕪湖市中醫醫院）創立於1958年，在中醫界素有“江南中醫壹枝花”的美譽，為“全國首批示範中醫院”、“國家三級甲等中醫醫院”；學校附屬口腔醫院為二級專科醫院，其前身是1956年成立的蕪湖市牙病防治所，是目前皖南地區規模最大的口腔專科醫院。
學校現有中央財政支持實訓基地1個，中央財政支持提升專業服務產業發展能力項目2個，另有省級教學團隊7個，省級高水平高職專業、特色專業、骨幹專業、示範專業、專業綜合改革試點項目16個，省級專業資源庫1個，省級精品開放課程、MOOC項目、智慧課堂項目28門，省級示範實驗（實習）實訓中心、創新實驗區、校企合作實踐教育基地、校企共建生產性實訓基地18個，省級卓越技能型人才計劃、省級教學團隊13項，省級教學名師、優秀教學管理工作者、教壇新秀21人。省級以上教研項目73項，省級教學成果獎28項。“十三五”期間，學校共承擔了各類科學研究項目143 項，其中市廳級以上科研項目69 項，獲得15項國家授權專利；公開發表學術論文373篇。學校主辦的《現代中藥研究與實踐》為中國科技核心期刊，是我國中藥研究領域的重要學術期刊之壹。
學校辦學成績受到社會各界的充分肯定和廣泛贊譽。2013年，中國科協授予學校中醫藥博物館“全國科普教育基地”稱號，蕪湖市總工會授予學校“五壹勞動獎狀”；2014年，國家中醫藥管理局授予學校“全國中醫藥科技推廣先進集體”稱號；2015年，學校在省級示範院校建設項目驗收和人才培養工作個性評估中獲得“優秀”等次；2017年，學校在全省學生資助民生工程績效評價“優秀”；2018年學校被安徽省命名為第五屆愛國主義教育示範基地；同年，學校獲批安徽省首批校企合作典型學校。
建校近60年來，特別是升格近20年來，學校秉承“厚德、博學、濟世、日新”的校訓，堅持“以人為本、尚德重技，創新服務，特色發展”的辦學理念，在中醫藥專業建設、應用型人才培養、中醫藥對外交流、中醫藥健康產業研發以及服務地方經濟和社會發展等方面，形成了獨特的優勢，為國家培養了5萬余名中醫藥應用型人才。
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