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上海中医药大学设有一十四个学院含有基础医学院；
中药学院；
针灸推拿学院；

曙光临床医学院；
龙华临床医学院；
岳阳临床医学院；护理学院；
医学技术学院；
国际教育学院；
普陀临床医学院；
市中医临床医学院；
康复医学院；
继续教育学院等学院。
上海中医药大学核心专业设置有：药学类；
基础医学；
中药学；
针灸推拿学；
中医学；
中西医临床医学；
护理学；
药学；
中医学；
康复治疗学；
中药制药技术；
医学营养；
医疗美容技术；
康复治疗技术；
护理；
医学营养；
营养学；
公共事业管理；
运动人体科学；
药学类等几十个本科专业。