2002年，病理学和病理生理学成为国家重点学科，学分制改革和英语提高计划启动。
2006年4月，通过“十五”部分建设项目和“21世纪工程”验收。成为中国CDIO国际工程教育合作组织成员，领导中国CDIO教育改革。
2007年从0755到79000，全国排名第53，综合类大学第14。3月，研究生院获准成立(2016年1月更名为研究生院)。4月，在教育部本科教学水平评估中名列前茅。法学院张月晓教授被授予世界贸易组织法官的荣誉。推行教师年薪制改革。
2008年成为“接受中国政府来华留学生奖学金的院校”，被授予硕士学位免试权。
2010年获教育部高等学校科研优秀成果奖自然科学一等奖；入选教育部“卓越工程师教育培养计划”首批高校；两个重点学科建设项目获得中央专项资金支持，在中国高校自然科学论文排行榜中排名第9位，广东省唯一高校。
2011年，汕头大学自办教育综合改革与医学教育改革项目被列为广东省教育综合改革试点项目，被临床医学博士授权为一级学科。5月28日至29日，以“医学教育全球化”为主题的第五届东西方联盟(EWA)年会在汕头大学举行。汕头大学医学院与香港中文大学医学院联合培养本科生和研究生，成为mainland China首家与海外著名大学合作开展临床医学教育的学校。
2012年6月，汕头大学由教育部、广东省人民政府和李嘉诚基金会联合创办。9月，批准设立临床医学博士后科研工作站。化学和临床医学跻身ESI(基础科学指标数据库)全球1%之列，汕头商学院工商管理主要本科专业通过EPAS国际认证，是亚洲第一个本科专业。
2013年，汕头大学被列入教育部“香港高校与内地高校师生交流项目”。5月，汕头大学被确定为民政部社会工作专业人才培养基地。9月，以色列理工学院与汕头大学签署合作备忘录，计划在广东省汕头市建立广东理工学院(GTIIT)。
2015年3月，商学院所有本科专业通过EPAS国际认证。4月9日，由汕头大学和以色列理工学院联合举办的广东以色列理工学院获得教育部批准筹建，并于2016年12月经教育部批准正式成立。
2018年3月入选教育部首批国家新型工程研究与实践项目。11月入选广东省新一轮高水平大学建设计划“高水平大学重点学科建设大学”。
2019年5月，汕头大学商学院正式获得BGA会员资格。8月，汕头大学被教育部评为全国创新创业经验典型高校。
2020年4月，汕头大学与深圳市卫生委员会签署战略合作协议。
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