昆明医科大学设有十八个学院含有临床肿瘤学院；国际教育学院；口腔医学院；公共卫生学院；护理学院；人文学院；研究生学院；法医学院；药学院；继续教育学院；基础医学院；第二临床学院；临床技能中心；高等职业教育学院；海源学院；现代教育技术中心；外语部；第一临床学院等学院。
昆明医科大学核心专业设置有：医学检验、康复治疗学、护理学、药物制剂、公共事业管理、医学影像学、市场营销、口腔医学、法医学、药学、医学美容技术、眼视光学、劳动与社会保障、法学类 法学、生检验、营养学、临床药学、预防医学、临床医学、麻醉学等几十个本科专业。
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