吉林农业科技学院设有动物科学学院、动物医学学院、经济与管理学院、机械与土木工程学院、食品工程学院、生物工程学院、文理学院、外国语学院、信息工程学院、植物科学学院中医学院、高等职业技术学院、社会科学系、体育部等学院。
吉林农业科技学院专业为食品加工技术；
食品营养和检测；
食品技术；
医疗营销；
计算机应用技术；
网络管理；
生物制药技术；
生物技术及其应用；
水利工程；
餐饮管理与服务；
中医；
机械制造及其自动化；
中草药栽培技术；
畜牧业；
兽医；
作物生产技术；
园林技术；
特种动物养殖；
中草药的栽培与鉴定；
中医；
中药资源与开发；
药物制剂；
包装工程；
机械的设计、制造和自动化；
计算机科学与技术；
制药工程；
食品科学与工程；
食品质量和安全；
生物工程；
农业环境和能源工程；
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野生动物和自然保护区的管理；
动物医学；
植物科学和技术；
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植物生产；
工商管理；
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烹饪和营养教育；
生物技术；
统计；
动植物检疫；
电子科学与技术；
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英语；
韩语；
园艺技术；
动物防疫和检验；
会计电算化；
物流管理；
工商管理；
商务英语；
国际经济与贸易；
水利水电工程；
电气工程及其自动化；
网络工程；
财务管理；
动物生物技术；
国际经济与贸易等几十个专业。
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